O Museu de Arqueologia e Etnologia-MAE está localizado no sítio arqueológico constituído pelos vestígios arquitetônicos do antigo Real Colégio dos Jesuítas, fundado no século XVI. O período de construção do edifício estende-se até a segunda metade do XVII e a sua utilização como colégio jesuíta termina com a expulsão desta ordem religiosa em 1759. Pouco tempo após a saída dos jesuítas a edificação veio a abrigar um Hospital Militar e no início do século XIX aqui se instalou a Escola de Cirurgia da Bahia, a primeira deste tipo no Brasil. Em fins do século XIX a edificação teve sua porção superior demolida e a inferior em grande parte soterrada, que veio a ser redescoberta a partir de 1975. Os espaços evidenciados pela remoção do entulho receberam o tratamento arquitetônico apropriado para ser instalado o MAE, que foi inaugurado em 27 de setembro de 1983. O museu está dividido em três alas e um centro administrativo, ao redor de uma área central. Cada ala foi batizada com os nomes de profissionais associados que auxiliaram na formação e na consolidação do MAE/UFBA, são eles:
Valentin Calderón
Licenciado em Geografia e História pela Universidade Católica do Salvador (1959), atuou intensamente nas áreas de arqueologia e patrimônio histórico e cultural, desenvolvendo projetos precursores da arqueologia sistemática no Estado da Bahia (Sambaqui da Pedra Oca, em Periperi, Salvador, Sambaqui do Sobraso, em Porto Santo, Itaparica) e Pernambuco (Gruta do Padre, em Petrolândia). Participou do Programa Nacional de Pesquisas Arqueológicas (PRONAPA), até 1970. Como administrador, dirigiu o Departamento Cultural da UFBA (1967), o Museu de Arte Sacra da UFBA, e a Fundação Cultural do Estado da Bahia. Sua coleção de objetos arqueológicos formou a base do que se constitui hoje como o Museu de Arqueologia e Etnologia.
Pedro Agostinho da Silva
Graduado em História pela Universidade Federal Fluminense (1962) e mestre em Antropologia pela Universidade de Brasília (1968). Filho do eminente humanista português Agostinho da Silva, dedicou-se a pesquisa com os povos indígenas do Alto Xingu, tendo publicado sua dissertação com o título “Kwarip, festa dos mortos”. Dedicou-se, também, ao indianismo e ao indigenismo, tendo ajudado a formular importantes políticas sobre os indígenas brasileiros, sobretudo os do Nordeste do país. Como etnográfo, coletou as peças que conformam a Coleção Kamayura, que encontra-se em exposição no MAE-UFBA. Foi, também, professor do Departamento de Antropologia e Etnologia da Universidade Federal da Bahia.
Antônio Matias
Foi o primeiro restaurador da instituição, tendo permanecido na área por mais de trinta anos. Intuitivo, teve sua formação técnica encorajada por Valentin Calderón, que nele via um talento inato e especial. Atuou no restauro de urnas funerárias e outros objetos arqueológicos expostos no MAE-UFBA, até sua aposentadoria.