Coleção de Arqueologia
O MAE/UFBA fundado em 1983, salvaguarda coleções de importância basilar para a história da Arqueologia baiana e brasileira. A preservação deste acervo, estimado atualmente em mais de quinhentos mil objetos, tem sido atualmente o maior desafio enfrentado pela equipe técnica. As coleções arqueológicas apresentam uma configuração mista: coleções fundantes musealizadas e coleções não musealizadas, normalmente fruto de endossos institucionais. As coleções fundantes musealizadas são chamadas pelo seu pesquisador: Vital Rego, Valentin Calderón e Carlos Ott, e a Coleção da Associação de Arqueologia e Pré-História da Bahia. Entre as coleções não musealizadas damos destaque à Praça da Sé e Piragiba, entre os trinta e seis processos de endosso dados pelo museu de 1994 a 2013. No momento o museu está desenvolvendo um projeto institucional de curadoria do material arqueológico já existente em nossa Reserva Técnica.
Coleção de Etnologia
O MAE/UFBA possui quatro coleções etnológicas: Pedro Agostinho, Aristóteles Barcelos e Maria Ignês Mello, Pankararé e Tuxá.